日本平定台灣之後，自1896年2月22日起，台灣改適用日本與各條約國之協定，允許各國人民和船舶在安平、淡水、基隆、打狗四個通商口岸自由往來、居住與經商。其餘非通商口岸，外人與船隻不得進入。唯有中國傳統民船根據「支那形船舶取締規則」得往來於通商口岸之外的特別港，1896年規定8個特別港，除原有的鹿港、舊港之外，另加開蘇澳（1897年廢）、後壠、梧棲、布袋嘴（今布袋，1897年廢，改設東石港）、東港、媽宮（今馬公）（圖1、圖2）。其中媽宮、布袋嘴、東港為安平稅關出張所。由於安平稅關與各分關的聯絡，既有海上風濤之險，兼以陸路盜匪不靖，因此租入外商小蒸汽船以供聯絡往來之用，以避免開外船侵入非通商口岸之惡例（圖3），並進而自備汽船淡水號（圖4、圖5），顯見日人維護本國權益的立場。

　　1899年制定台灣關稅規則，並重新指定特別港。1901年將淡水、基隆、安平、打狗四處稅關裁減為淡水和安平兩處，統一全島稅關事務，將出張所改稱支署，打狗和基隆改為支署，其原管轄區域分別移至安平稅關和淡水稅關。特別港中的下湖口改由北港溪取代，歸安平稅關管轄（圖6、圖7）。另增開基隆與塗葛堀，共有十個特別港，供中國民船往來。此外，為了取締目的另設監視署，1899年設大安港、番挖（後稱沙山）兩處。至1905年增設為24處。安平稅關常派員巡邏轄區內各港口、漁村，做成詳盡的報告書，對於西螺溪以南的台灣沿海留下許多豐富的史料（圖8、圖9）。

　　安平稅關設有貿易調查委員會，就其所轄各支署內重要市鎮，派員定期收集與貿易相關之重要資料（圖10、圖11）。台灣總督府亦規定稅關貿易統計的格式，如貿易數量、金額、郵寄包裹、船舶進出統計等（圖12、圖13）。自1906年起關東州亦納入貿易統計的範圍內（圖14、圖15）。此外，檢疫亦為安平稅關的要務之一，由台南醫院協助為其職員施打疫苗注射（圖16、圖17）。